In tropical climates where most farmed shrimp is produced, it takes approximately three to six months to raise market-sized shrimp, with many farmers growing two to three crops per year. A steady stream of organic waste, chemicals and antibiotics from shrimp farms can pollute groundwater or coastal estuaries. Salt from the ponds can also seep into the groundwater and onto agricultural land. This has had lasting effects, changing the hydrology that provides the foundation of wetland ecosystems.
Pollution
Dans les climats tropicaux où la plupart des crevettes d'élevage sont produites, il faut environ trois à six mois pour élever des crevettes de taille marchande, et de nombreux agriculteurs font deux à trois récoltes par an. Un flux constant de déchets organiques, de produits chimiques et d'antibiotiques provenant des élevages de crevettes peut polluer les eaux souterraines ou les estuaires côtiers. Le sel des étangs peut également s'infiltrer dans les eaux souterraines et sur les terres agricoles. Cette situation a eu des effets durables, modifiant l'hydrologie qui constitue la base des écosystèmes des zones humides.
​Épidémie de maladies
L'introduction d'agents pathogènes peut entraîner des épidémies importantes chez les crevettes, avec des conséquences dévastatrices. Lorsque les crevettes sont atteintes de certaines maladies, elles nagent à la surface plutôt qu'au fond du bassin de production. Les mouettes descendent en piqué, consomment les crevettes malades et peuvent ensuite déféquer sur un étang situé à quelques kilomètres de là, propageant ainsi l'agent pathogène. La fermeture des élevages de crevettes en raison de la maladie a des répercussions socio-économiques, notamment la perte d'emplois.
Environ 80 % des crevettes d'élevage sont issues de deux espèces seulement. Ces monocultures sont très sensibles aux maladies.
Destruction d'habitats
Dans certains cas, des habitats écologiquement sensibles ont été défrichés pour créer des étangs destinés à la production de crevettes. En outre, certains aquifères qui alimentent les fermes en eau ont été contaminés par de l'eau salée. Certaines formes d'élevage de crevettes ont eu un effet dévastateur sur les mangroves du monde entier. Ces mangroves sont vitales pour la faune et la pêche côtière et servent de tampon contre les effets des tempêtes. Leur disparition a déstabilisé des zones côtières entières, avec des effets négatifs sur les communautés côtières.
Les salines, les vasières, les estuaires, les bassins de marée et les marais côtiers peuvent également être affectés par l'élevage de crevettes. Ces zones représentent des lieux de chasse, de nidification, de reproduction et de migration essentiels pour des millions d'habitants des côtes, notamment des poissons, des invertébrés et des oiseaux migrateurs.
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